文件名称:
simpleSCENIC:我发现该小插图繁琐且包含过时的命令。 这是sc-impler版本-源码
开发工具:
文件大小: 7kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-09
详细说明：简单的代码即可在单个单元格数据上运行SCENIC
单细胞测序实验的基本优点是探索生物样品的异质性。 如果您关注的是单一组织类型，这会特别有趣（我认为），因为它正在发生变化。这可能是发育中的组织中的细胞，培养物中的细胞或疾病过程中的细胞（可能与正常组织相比）
当您执行上述操作时，scRNAsq本质上向您显示了组织的各种转录状态。 样本中存在多少个状态是一个棘手的问题，并且围绕某种类型的中心围绕样本的实际多样性，结合的聚类分辨率以及您对每个注释为单独的状态/类型的信心有多强就是这样
一旦确定了这些不断变化的单元状态，就可以询问是什么驱动或调节了变化。 换句话说，哪些转录因子在拉动字符串？
为了使它保持简单，SCENIC做两件事：
1）找出数据中与TF共表达的基因，并将其写在表中
2）仔细检查结果以尝试减少噪声（机会共表达）
后面的步骤比较复杂，但是基本上它使用数据库（您需要下载数据库
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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