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Resource:对2,152个Ig-seq数据集的大规模分析揭示了B细胞生物学和抗体库的关键特征-源码
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文件大小: 22mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-09
详细说明：资源资源
概述
该资料库包含所有与脚本结果（MS）中每个部分中的关键分析相关的脚本和初步统计信息“对2,152个Ig-seq数据集的大规模分析揭示了B细胞生物学和抗体库的关键特征” 。 这些分析可分为四类，包括基因使用，体细胞重组，体细胞超突变和公共克隆。 在以下各节中可以找到更多详细信息。
基因使用
基因使用概述量化（图2A）
python geneUsageOverview_quantification.py V_input.txt V outDir
脚本geneUsageOverview_quantification.py实现了V / D / J基因使用的概述。 它包含三个参数，包括表格用法矩阵文件，基因类型和输出目录。 使用率矩阵文件的每一列表示一个样本，每一行代表一个基因片段。 用法矩阵文件如下所示，
SRR8365312 ERR2567197 ERR1812302
IGH
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