文件名称:
KMeansClusteringDNA：识别HepC爆发来源的K手段-源码
开发工具:
文件大小: 35kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-15
详细说明：这是“ K均值”聚类用于识别肝炎C暴发源的示例。 该项目的K Means部分完全从头开始编码，没有使用任何K Means库。
首先从处理.fas文件中的数据到我拥有一个数组（每个索引包含一个基因组）的地方开始。 然后，它计算每个基因组之间的汉明距离。 然后，我通过“多维缩放”来运行它，以获取数据的散点图以及该数据的数据帧。 我使用散点图来确定数据中有8个簇。
有了这些知识，我便可以通过我的K Means方法运行数据框。 K Means方法遵循以下过程：
指定要分配的集群数
随机初始化K重心
将每个点分配给最接近的质心
计算每个簇的新质心（均值）
返回第3步并重复直到质心的值不变
完成后
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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