文件名称:
pathway-reconstruction-enhancer:途径重建框架-源码
开发工具:
文件大小: 262kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-18
详细说明：简化信令通路重建
此存储库是正在进行中的dockerized路径重建增强工具库。该框架将包含不同的图算法，这些图算法在一般的蛋白质-蛋白质相互作用网络的背景下连接目标基因和蛋白质，从而使用户可以在其输入上运行多种算法。该库的灵感来自于单细胞转录组学工具，例如和 ，它们为许多相关算法提供了统一的接口。
现在，此回购包含了集成到单个框架中的所有部分。这是一项正在进行的工作。最新功能可以在development分支上找到。
成分
配置文件：指定要运行的路径重构算法，要使用的超参数组合以及要对其运行的数据集。
Snakemake文件：定义一个工作流程，以在具有所有指定超参数的所有数据集上运行所有路径重建算法。
Dockerized路径重构算法：路径重构算法是使用docker-py Python软件包通过Docker映像运行的。 是第一个使工作流和设计原型化的算法。
用于调用算法的Python包
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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