MDTraj MDTraj是分子动力学模拟的一个python包，相对于MDAnalysis个人觉得操作性更强，更加Python范一些。其能够进行不同模拟软件的轨迹转换，常规计算，分析等等一体化。简单的说就是可以用来对轨迹进行分析，可以通过计算rmsd和rmsf值来判断轨迹的偏移等一系列操作。在2019年出的1.9.3中还包含了计算rmsf功能。所以有计算rmsf的需要的话最好还是安装1.9.3版本。 安装mdtraj需要先安装一些环境依赖numpy和cython。且版本最好更新一下，不然旧版本里