日语的起源一直是争论不休的问题。明治时代的日本人把日语划为阿尔泰语系，但阿尔泰语系这个说法已经普遍遭到否定，霍默·赫尔伯特（Homer Hulbert）和大野晋认为日语属于达罗毗荼语系，西田龙雄认为日语属于汉藏语系，白桂思（Christopher I. Beckwith）认为日语属于日本-高句丽语系（即扶余语系），列昂·安吉洛·塞拉菲姆（Leon Angelo Serafim）认为日本语和琉球语可以组成日本语系。有一种假设认为南岛语系、壮侗语族和日本语系可以组成南岛-台语门（Austro-Tai