北京航空航天大学数学与系统科学学院2008年12月从原理学院独立，于2009年6月1日正式挂牌，是适应学校“理工文”综合、建设“空天信”融合特色的世界一流大学发展战略而成立的。学院历史可追溯到1952年建校初期的基础部、改革开放后的应用数理系、理学院。