南海市直结算中心信息化系统包括十大子系统功能，如预算管理、资金管理、业务管理、账务管理、票据管理、远程单位报账管理、远程账表管理等功能。在系统运用方面，一是远程方面的运用单位报账子系统是国内首家采用这种模式；二是将运行系统都建立在国家网络信息安全中心的平台技术上，这也是目前国内首家建立在此平台上的结算中心系统。