南祁连盆地是位于加里东褶皱基底上的盆地,海相二叠系构成了其二叠系的主体部分,通过对盆地内二叠系沉积特征分析,综合表明二叠系发育碳酸盐岩台地相、滨岸相、浅海陆棚相、三角洲相4个沉积相,并且经历了早二叠世勒门沟期的坳陷盆地,草地沟期的边缘坳陷盆地和哈吉尔期—忠什公期的坳陷残余陆表海盆地。