现行的全面提升本科毕业论文质量的改革遭遇资源与体制的限制,双轨并行的论文指导体系可以灵活、高效地解决其问题:即一方面立足于大众化教育视野,以他组织理论为基础,渐次完善当今指导体系,总体提高毕业论文质量;一方面立足于精英教育视野,构建"以奖代罚"、内外结合的评价机制,发挥科研组织的自组织作用,达到既能提高论文质量、又能从本科阶段就提前加大对优秀人才培养力度的目标。