提出了一种新型两步式迭代最近点算法对三维人耳点云模型进行配准，该过程主要分为两步完成：（1）采用基于CUDA并行加速的EM-ICP算法进行初始配准，从而使人耳点云数据大致调整为同一姿态，并且为下一步提供良好的初始变化；（2）基于ICP算法对三维人耳点云数据进行精确配准。该方式能够有效避免ICP算法配准过程中局部对齐等缺陷。实验结果证明，采用两步式迭代最近点算法配准后的三维人耳数据具有良好的配准效果与配准速度。