为实现某多源测量数据融合处理系统，研究了时空配准中的系统误差配准问题。针对复杂电磁环境干扰，以稳健统计理论为指导，设计实现了基于双向链表排序的缓变序列实时中值估计算法，并在此基础上提出基于融合检择及设备间一次差实时中值估计的系统误差稳健配准方法。通过典型实测数据测试，验证了最小二乘法等传统配准方法的不稳健性。测试表明：在选择适当的样本容量时，本文方法在时变和非时变系统误差配准应用中都是有效的，能够避免配准值出现较大偏差，具有较好的稳健性。