1. 算法的基本概念 利用计算机算法为计算机解题的过程实际上是在实施某种算法。 （1）算法的基本特征 算法一般具有4个基本特征：可行性、确定性、有穷性、拥有足够的情报。 （2）算法的基本运算和操作 算法的基本运算和操作包括：算术运算、逻辑运算、关系运算、数据传输。 （3）算法的3种基本控制结构 算法的3种基本控制结构是：顺序结构、选择结构、循环结构。 （4）算法基本设计方法 算法基本设计方法：列举法、归纳法、递推、递归、减半递推技术、回溯法。 （5）指令系统 所谓指令系统指的是一个计算机系统能

针对新型超高通量测序仪Solexa测序仪所产生的测序片段read的比对与组装问题,提出一种短序列比对与组装算法SRMA,采用对参考序列进行hash的方法,将测序片段read分3段快速、准确地定位于参考序列,对不能定位的read采取从头(Denovo)组装的方法进行组装。测试结果表明SRMA算法具有较高的性能和敏感度,以及良好的应用前景。