针对分布式数据观测系统中数据融合存在数据线性化过程误差较大、滤波过程中的错误无法修正的问题,提出了一种基于无迹变换的协方差交集算法。该算法首先对系统数据进行无迹变换,然后对数据采用协方差交集算法滤波,可得到较好的滤波性能。实验结果表明,该算法弥补了协方差交集算法的不足,能够修正数据线性化误差及滤波产生的错误,是一种有效的数据融合算法。