随着互联网技术日益成熟，恶意程序呈现出爆发式增长趋势。面对无源码恶意性未知的可执行文件，当前主流恶意程序检测多采用基于相似性的特征检测，缺少对恶意性来源的分析。基于该现状，定义了程序基因概念，设计并实现了通用的程序基因提取方案，提出了基于程序基因的恶意程序预测方法，通过机器学习及深度学习技术，使预测系统具有良好的预测能力，其中深度学习模型准确率达到了99.3%，验证了程序基因理论在恶意程序分析领域的作用。