针对反射式太赫兹时域光谱系统所测时域信号存在反射峰、频谱出现振荡、频域信噪比低等问题，提出基于经验模态分解处理太赫兹时域反射峰的方法，同时消除频域振荡的影响。通过获取本征模函数并代替反射峰，增加时域信号有效长度、提高太赫兹频域分辨率，消除频域振荡影响。古代壁画样本的太赫兹反射谱实验结果表明，该方法能自适应地处理反射峰，对太赫兹时域信号修复效果良好，频域振荡抑制效果良好。