在分析三维共焦扫描图像衰减数学模型的基础上,针对其深层损耗进行了不依赖于试样的恢复。在确保恢复准确性的前提下推导出基于FFT(快速傅里叶变换)的快速算法,该算法具有准确、高效、适应性强、不引入额外噪声等优点。讨论了算法的计算量、内存占用量及其在微机上的实现。提出相应的改善措施,并给出测试结果。