针对运用离散短时傅里叶变换（DSTFT）算法实现解调2FSK信号时其存在的码元同步的问题。提出通过运用载波的功率谱估计和码元偏移的采样点数的关系，在系统通信开始的时候先实现精确的码元同步状态。由于在无线传输过程中存在噪声和频飘等现象，需要运用载波的功率谱估计跟踪码元同步状态，并且记录码元偏移的采样点数。当解调过程中再出现不同步状态的时候可以快速、精确的实现码元再次同步。并且通过仿真和在FPGA实现上表明该同步算法比其他同步算法误码率更低，并且在EM-WMD接收机上得到了应用。