为了提高传统指纹识别系统处理速度和安全问题，研究一种基于NIOS II处理器的高速嵌入式指纹识别系统。利用NIOS II的定制指令，FPGA实现算法的硬件设计，同时结合先进的射频识别技术(RFID)，实现了指纹特征模块在非接触IC卡上的存储，在非接触IC卡采用加密算法加强了指纹数据传输的安全性。实验结果表明，系统运行速度快，有较高的安全性。