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搜索资源列表

  1. cpp-genetic-algorithm:C ++遗传算法（C ++遗传算法）：使用遗传算法替代De jong函数f2，源码方法和属性有中文注释，命名和文件组织方式统一，使用面向对象实现，封装和调用上基本构成遗传算法的逻辑-源码

  2. C ++遗传算法 这是使用C ++实现的遗传算法，遗传算法针对不同的问题实现起来细节可能不一样，这里罗列一下当前的实现方式具有的特性： 通过锦标赛算法选择个体 通过从上一代中剔除低适应度个体的方式消除劣质解 个体由一条染色体组成，所以程序不区分个体和染色体两个概念 通过实数编码组成染色体，重新获得De jong函数f2在-2.048到2.048范围内的对应 通过两个染色体相同位置基因求和再平均进行染色体交叉 通过高斯分布的随机数对基因进行变异操作 适应度取1 /（0.01 + f2） 算法的参数

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-24
    • 文件大小：19456
    • 提供者：weixin_42175035

  1. iiitd-training-work-源码

  2. iiitd培训工作 了解从Firehose浏览器获得的TCGA数据集。 我们从firehoseftb存储库获取了21-03-2021的最新处理数据： ://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2016_01_28/data/ 下载的TCGA RNASeq包含 行代表基因IDS 列代表样品名称。 对于每个样本，都有三列：raw_count，scaled_estimate和transcr ipt_id。 起始种质是假设的蛋白质基因，因此它们以?开头?

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-22
    • 文件大小：1024
    • 提供者：weixin_42140846

  1. tidybulk:将转录组学带到tidyverse-源码

  2. tidybulk-tidyTranscr iptomics的一部分 将转录组学带到tidyverse！ 该代码是根据GNU通用公共许可证的版本3发布的。 网址： 请也看看 用于批量数据的整洁表示 用于单细胞数据的整洁表示 用于单细胞数据的整洁表示 用于通过整洁的原理分析和操作生成的热图 进行整洁的高级数据分析和处理 用于向您的添加自定义门信息 可用功能/实用程序 功能 描述 identify_abundant 鉴定丰富的基因 aggregate_duplicates 以可靠的方式聚集大量和重复

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：5242880
    • 提供者：weixin_42139460

  1. plascad-源码

  2. 普拉斯卡德 Plascad是一种计算有效的工具，专为自动质粒分类，ARG注释和质粒可视化而设计。 内容 Plascad工作流程Plascad首先在查​​询质粒序列中预测ORF，然后通过hmmsearch使用已建立的HMM蛋白图谱检测与质粒转移相关的基因的同源物。然后，它通过搜索结构化的ARGs数据库（SARG）来识别ARG，最后，将使用AngularJS的质粒可视化组件集成到该管道中，以可视化分类的共轭质粒。 要求 Linux， ， ， ， ， 安装 Plascad可以通过conda或

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：11534336
    • 提供者：weixin_42165508

  1. SWI_analysis:改进对异时基因的SWI实验分析的项目-源码

  2. SWI_analysis 改进对异时基因的SWI实验分析的项目 在conda环境中安装： conda create -n swi-analysis python=3.6 conda activate swi-analysis pip install -e . 关于此软件包的注释，看来scikit-image的版本可能是0.15，而不是0.17。 运行任务 luigi --module tasks.swi_analysis_mCherry SWIAnalysisTask --dirpath /s

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：93184
    • 提供者：weixin_42169245

  1. gatk-sv-源码

  2. GATK-SV 用于Illumina短读全基因组测序（WGS）数据的结构变异发现管道。 目录 原始呼叫者和证据收集 批量质量控制 -gCNV模型创建 批量证据合并，BAF生成和深度调用者 网站集群 网站指标 过滤 跨批次站点合并 基因分型 基因型优化（可选） 跨批次集成，复杂事件解决和VCF清理 下游过滤 注释 质量控制和可视化 附加模块-Mosaic和de novo 部署和执行： 一个帐户。 支持（WDL）的流执行系统，可以： （v36或更高版本）。强烈建议使用专用服务器。 或 （请注意，此平

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：15728640
    • 提供者：weixin_42112894

  1. S3N2Bin-源码

  2. S 3 N 2 Bin（用于宏基因组划分的半监督暹罗神经网络） 注意：此工具仍在开发中。欢迎您尝试一下，并感谢您的反馈，但是请期待一些错误/快速更改，直到它稳定下来。 使用参考基因​​组中的信息进行半监督深度学习的宏基因组划分的命令工具。 安装 S 3 N 2 Bin在Python 3.6-3.8上运行，需要才能从bam文件计算深度。 从源安装 您可以从github下载源代码并按标准安装 python setup.py install 例子 简易的单/共装箱装箱模式 您将需要以下输入： 一个co

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42110362

  1. SMAP-源码

  2. 小号充足马tching进行大规模大的P roteomics（SMAP） 一种基于一致性和特异性得分的组合来验证和纠正样品身份的管道。 SMAP首先使用蛋白质组学方法从基于多重等压标记的定量蛋白质组学数据中检测变异体肽，然后根据变异体肽的表达水平推断每个样品的等位基因信息。 强调 使用突变肽获得肽的染色体和起始位置 使用肽段的染色体和起始位置提取相应文件中的相应参考肽段 从参考肽和突变肽的数量结果文件中提取定量数据。 性别信息不是必需的，但具有基于遗传的性别和报告的性别都将有助于识别真实的I

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：5120
    • 提供者：weixin_42131316

  1. CNVxplorer:CNVxplorer-源码

  2. CNVxplorer：一种网络工具，可帮助罕见疾病患者对CNV进行临床解释 欢迎使用CNVxplorer网络服务器的官方Github存储库，网址为 随附的预印本出现在BioRxiv中： 目录 概述 CNVxplorer，一种适用于临床诊断环境中CNV功能评估的Web服务器。 CNVxplorer挖掘与CNV相关的临床，基因组和表观基因组特征的综合集合。 它提供了序列限制指标，对调控元件和拓扑关联域的影响以及表达模式。 分析提供了以下内容：（a）与患者表型一致； （b）可视化基因之间的关联，包括

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-17
    • 文件大小：75497472
    • 提供者：weixin_42104366

  1. LaanLab-SATAY-DataAnalysis:其中包含用于进行SATAY实验数据分析的代码和工作流程-源码

  2. LaanLab-SATAY-数据分析 该存储库包含用于与SATAY实验有关的数据分析的代码，数据和工作流。 和 有关项目的评论，待办事项列表和一般进度更新，请在“通知此情况。 有关代码的问题和疑问可以在“。 带有有关分析，数据文件，软件和工作流程的详细注释的文件（包括用于SATAY分析Linux工作流程的安装指南）。 当前存在以下数据文件和文件夹： ：这是具有系统命名格式的已知必需基因的列表。 ：这是具有常用命名格式的已知必需基因的列表。 一些基因可能只出现在一个文件中，因此建议同时使用

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-17
    • 文件大小：39845888
    • 提供者：weixin_42155721

  1. TheHumanPangenome:建立和使用人类参考全基因组的策略-源码

  2. TheHumanPangenome-人类全基因组分析的工具集 图中GRCh38的路径！ 有关详细信息，请检查DS文件夹！ 带有命中链接的更快，更好的短读映射器。 现在玉米更多了！ 有关详细信息，请参见Giraffe文件夹！ 大多数基因组注释都可以很容易地从gff3导入（到ggff！）！ 有关详细信息，请参见注释文件夹！ 可以以轻量级的方式计算等位基因特异的表达！ 抓住RNA文件夹中的工作流程！ 计算结构变体的内部，外部和断点处的变异！ 有关详细信息，请参见SV文件夹！ 我们将HG002的MHC区

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：85983232
    • 提供者：weixin_42160278

  1. dragonstar2019-源码

  2. 龙之星2019 该GitHub存储库包含演讲幻灯片以及2019年Dragon Star生物信息学课程的计算练习。 这是一个为期五天的课程，主题为“人类疾病的基因组学”。 课程内容如下： 第一天 疾病研究中的基因组技术：， NGS数据格式和变式调用：， 第二天 短/长读序列数据的比对：， 通过短读/长读测序进行基因组组装：， 第三天 人类疾病中结构变异的检测：， 基因变异的注释和表型驱动的解释：， 第四天 SNP和基于序列的全基因组关联研究（GWAS）：， 稀有变种和从头变种关联研究：， 生

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-15
    • 文件大小：42991616
    • 提供者：weixin_42126865

  1. BC-TFvariants-源码

  2. 乳腺癌易感性研究TF-DNA结合的遗传变异的统计框架。 ）的 R2。 来自BCAC的GWAS的估算SNP数据汇总统计 R3。 TCGA，METABRIC和TCGA的基因表达数据 R4。 CRISP-Cas实验数据 R5。 FOXA1，ESR1和GATA3的组合实验数据 ）（图1A，B；表S1；实验程序）。 从BCAC GWAS数据生成了n = 11,337,849个遗传变体的n×m矩阵，并带有m = 113 TF-DNA结合区的注释。 我们使用BCAC GWAS

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-13
    • 文件大小：7168
    • 提供者：weixin_42114580

  1. GeneDMRs:GeneDMRs是一种R软件包，用于检测基于基因，基因体，CpG岛以及与CpG岛特征相互作用的基因体的差异甲基化区域-源码

  2. 基因DMR 基于基因的差异甲基化区域分析 入门 描述 GeneDMRs是一个R软件包，用于检测基于基因（DMG），基因体（DMP，DME，DMI），CpG岛和与CpG岛特征（例如DMG / DMP / DME / DMI_CpG岛和DMG / DMP / DME / DMI_CpG岛岸）。 依存关系 使用注释数据集进行丰富，例如鼠标的“ org.Mm.eg.db” if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) instal

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-11
    • 文件大小：69206016
    • 提供者：weixin_42121725

  1. c-elegans-phenotype-ontology:线虫基因组数据库WormBase使用的与线虫秀丽隐杆线虫和相关线虫有关的表型的本体论-源码

  2. 秀丽隐杆线虫表型本体论 秀丽隐杆线虫表型本体论将代表观察到和报告的秀丽隐杆线虫和相关线虫表型的术语组织到一个层次结构中，以进行表型术语发现（例如，使用本体浏览器）和逻辑推理（例如，推断其扰动导致更普遍的基因）。表型（基于对更具体表型的注释）。 正在进行不断的努力来生成逻辑定义，这些定义将使每个表型术语与受影响的生物学实体（细胞，组织，细胞成分，生物学过程等）之间的关系正式化。 版本号 稳定的发行版本 可以在以下位置找到最新版本的本体： 编辑版 该本体的编辑者应使用编辑版本 接触 请使用此GitH

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-11
    • 文件大小：17825792
    • 提供者：weixin_42133969

  1. quoats:用于查询表型数据集的简化Web应用程序-源码

  2. 人数 描述 该存储库包含用于应用程序的代码，该应用程序使用带有本体术语和自然语言的注释来查询表型描述的数据集。 该工具的一个实例可在查询植物基因及其相关注释和自由文本表型描述的数据集。 有关数据集包括了数据的来源和它是如何进行预处理和格式化，可更多的信息。 该申请与关于将自然语言处理方法应用于当前正在准备的植物表型数据的出版物相关联。 作为Python脚本运行 通过将参数传递给脚本，还可以将用于运行流式应用程序的脚本作为Python脚本进行测试。 可以传递给main.py脚本的参数如下。 --

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-11
    • 文件大小：283648
    • 提供者：weixin_42160398

  1. simpleSCENIC:我发现该小插图繁琐且包含过时的命令。 这是sc-impler版本-源码

  2. 简单的代码即可在单个单元格数据上运行SCENIC 单细胞测序实验的基本优点是探索生物样品的异质性。 如果您关注的是单一组织类型，这会特别有趣（我认为），因为它正在发生变化。这可能是发育中的组织中的细胞，培养物中的细胞或疾病过程中的细胞（可能与正常组织相比） 当您执行上述操作时，scRNAsq本质上向您显示了组织的各种转录状态。 样本中存在多少个状态是一个棘手的问题，并且围绕某种类型的中心围绕样本的实际多样性，结合的聚类分辨率以及您对每个注释为单独的状态/类型的信心有多强就是这样 一旦确定了这

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    • 发布日期：2021-03-09
    • 文件大小：7168
    • 提供者：weixin_42097508

  1. bacannot:用于原核基因组注释的通用管道-源码

  2. 细菌注释（bacannot）管道 Bacannot是易于使用的基于docker的nextflow管道，该管道采用最新软件进行原核基因组注释。 它是围绕几种工具的包装，使您可以更好地了解原核基因组。 它用： 用于通用注释 rRNA预测的 用于在多基因座序列类型（ST）中进行分类的 for KO批注 用于绘制KO注释 用于甲基化注释 用于基因组浏览器生产 的注释合并 用于绘制基因组岛 用于抗菌基因注释的 ， ， 和 数据库， 和用于序列和基因预测 用于基因组岛预测 用于计算机质粒检测的和

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-07
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42134878

  1. lrgasp-simulation-源码

  2. 用于模拟RNA测序数据的管道 关于管道 该管道旨在根据提供的参考数据和表达谱模拟包括PacBio，Oxford Nanopore和Illumina读数在内的RNA测序数据集。 基本上，它是几个模拟工具的包装： 管道包括3个主要步骤： 准备参考数据，包括插入人工新型同工型。 通过将任何哺乳动物参考转录本定位到您的基因组（人类或小鼠）上并用处理，这些“新”同工型。 量化转录本丰度，这需要任何真实的长期阅读RNA数据集。 生成模拟读物和补充信息，这些信息仅对评估人员可用。 要求 python3

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-05
    • 文件大小：491782144
    • 提供者：weixin_42160425

  1. 发现者-源码

  2. 欢迎来到FINDER finder是一种基因注释程序管道，可自动下载短读，对齐它们并使用组装的转录本生成基因注释的过程。 另外，它使用蛋白质序列并通过BRAKER2报告基因预测。 它是一种快速，可扩展，独立于平台的软件，可生成GTF格式的基因注释。 finder通过命令行界面接受输入。 它发现了几个新的基因/转录本，还报告了它们所处的组织/状况。如果您使用FINDER进行研究，请引用 Sagnik Banerjee，Priyanka Bhandary，Margaret Woodhouse，Ta

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-16
    • 文件大小：72351744
    • 提供者：weixin_42099936
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