由于共焦针孔的加入及现有太赫兹激光器输出不稳定，太赫兹共焦扫描显微成像所得图像的质量不高，将双边滤波算法应用于透射式太赫兹共焦扫描显微成像图像去噪复原，通过研究确定了适合于该情况的双边滤波参数，并且与中值滤波、均值滤波和开运算滤波的滤波性能进行比较，证明了双边滤波算法应用于透射式太赫兹共焦扫描显微成像图像去噪复原的可行性。

太赫兹共焦扫描成像中，由于太赫兹激光器不可能恒定输出和采集信号微弱等原因，成像质量有待提高。在消除激光抖动的背景抑制后进行了中值滤波、块匹配和三维滤波(BM3D)、非局部均值（NLM）滤波和中值非局部均值（MNLM）滤波等方法比较；同时研究了滤波参数对处理效果的影响。图像处理结果表明，对所考察图像应用所确定的滤波参数时，MNLM滤波稍好于NLM滤波，NLM滤波稍好于BM3D，中值滤波效果较差。