基于单词的模型在序列比较中取得了可喜的结果。 然而，作为单词在生物序列中的重要统计特性，如何利用单词的重叠结构和背景信息来改善序列比较仍然是一个问题。 本文提出了一种新的统计方法，该方法整合了生物序列中单词的重叠结构和背景信息。 为了评估这种整合对于序列比较的有效性，采取了两组评估实验来测试所提出的模型。 第一个通过接收器工作曲线分析执行，是所提出的方法在区分功能相关的调控序列和无关序列（内含子和外显子）中的应用。 第二个实验是用f度量评估该方法对戊型肝炎病毒基因型聚类的性能。 结果表明，所提出