为了实现大量海洋微生物样本的自动采集，设计了一个基于STC单片机的自容式海洋微生物原位浓缩保压采样控制系统。该控制系统采用磁力传动的方式解决电机可靠密封与运行的问题，以单片机作为主控制器，通过检测系统周围海水压力和工作状态，控制电机和电磁阀工作，结合蓄能器的保压特性和采样过滤装置实现对海洋微生物无污染无压力突变浓缩采样。通过对控制系统结构简化设计，提高了可靠性。实验表明，系统结构简单，功能完备，能够实现对海洋微生物的自动采样控制目的。