针对星载对地观测激光高度计大足印回波信号中多目标相对高程信息提取的问题，采用基于最小二乘的高斯分解算法对波形数据进行多目标分离，设计了全波形采集系统，并开展了地面多目标分离的算法验证实验。实验结果表明，该算法可有效分离回波信号中的多个目标，目标间相对距离偏差小于0.03m，验证了激光大足印全波形采集系统进行多目标相对距离信息提取的可行性，对星载对地观测激光高度计的系统设计及数据处理算法的研究具有重要借鉴意义。