针对磁悬浮飞轮转子位移传感器谐波噪声引起的多频扰动问题，提出了一种基于级联相移陷波器的全转速自适应控制方法。首先根据多频扰动特性，构造分级的自适应相移陷波器，每级陷波器对应一个陷波频率;然后，将陷波器级联，分别设置相角补偿矩阵解决闭环控制回路在全转速范围内的稳定性问题。最后，以五自由度磁悬浮飞轮为实验对象进行实验验证，实验结果表明，所提出算法能够在全转速范围内有效地抑制谐波扰动。