针对箱梁桥因较大的畸变作用而在某些横截面产生明显变形,进而严重影响桥梁正常使用的情况,在广义坐标法的基本假定下,基于哈密顿对偶求解体系和精细积分法,建立考虑畸变时薄壁箱梁自振分析的哈密顿正则方程,并以MATLAB编制相应程序,采用二分法求得结构的自振频率。最后通过具体算例进行对比分析,证明该方法的正确性与可行性。