搜索资源 - 蛋白质分子场

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面向大分子的三维数据场特征分析与可视化
摘要: 介绍了在面向生物大分子结构和功能分析的三维数据场建模、特征分析与可视化方面的初步尝试.从蛋白质分子结构出发,采用量子化学理论计算得到一个规则采样的三维数据场,场的每个格点上记录蛋白酶分子内部各种力的综合作用.在每个格点上实施离散一阶、二阶局部微分计算,从而筛选出一系列数据场内的临界点,这些临界点潜在地揭示了蛋白质分子的功能区域所在.继而,计算数据场内各种型值的分子势能面,交互地探寻具有一定生物活性的“通道”区域.此外,探索运用多种点、面和体可视化技术,来寻找分子内部的宏观结构.通过上述
所属分类：专业指导
- 发布日期：2010-11-23
- 文件大小：286720
- 提供者：gaoyang9870

NAMD入门教程
1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件 2. 分子动力学入门 2.1 基本设置 2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化 2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析 3. 分析方法 3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值 3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwe
所属分类：专业指导
- 发布日期：2013-05-14
- 文件大小：1048576
- 提供者：u010696678

OpenMD:公开的分子动力学-源码
什么是OpenMD？ OpenMD是一种开源分子动力学引擎，它能够使用具有方向自由度的原子类型（例如“粘性”原子，点偶极子和粗粒组装体）有效地模拟液体，蛋白质，纳米粒子，界面和其他复杂系统。。蛋白质，沸石，脂质，过渡金属（本体，平面界面和纳米颗粒）都已使用代码中包含的力场进行了模拟。 OpenMD使用消息传递接口（MPI）在并行计算机上工作，并附带许多易于使用和修改的分析和实用程序。使用非常简单易学的元数据语言来指定OpenMD仿真。入门使用单个分子动力学（.omd）文件在OpenM
所属分类：其它
- 发布日期：2021-03-27
- 文件大小：16777216
- 提供者：weixin_42175035