在本文中，基于氨基酸的三种物理化学特性，引入了蛋白质序列的动态3-D图形表示。 图的坐标具有直接的生物学意义，可以反映蛋白质的固有结构。 提取主惯性矩和轴坐标范围的信息作为一种新型的混合描述符，并提出用于蛋白质一级序列的比较。 同时，避免了所考虑的蛋白质序列的长度差异的影响的归一化描述符向量的欧几里德距离被用作蛋白质相似性的定量测量。 最后，我们以九种ND5（NADH脱氢酶亚基5）蛋白为例，说明了该方法的有效性。