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  1. Globin-like蛋白质折叠类型识别

  2. 蛋白质折叠类型识别是蛋白质结构研究的重要内容. 以SCOP中的Globin-like折叠为研究对象,选择其中序列同一性小于25%的17个代表性蛋白质为训练集,采用机器和人工结合的办法进行结构比对,产生序列排比,经过训练得到了适合Globin-like折叠的概形隐马尔科夫模型(profileHMM)用于该折叠类型的识别. 以Astral1.65中的68057个结构域样本进行检验,识别敏感度为99.64%,特异性100%. 在折叠类型水平上,与Pfam和SUPERFAMILY单纯使用序列比对构建的
  3. 所属分类:专业指导

    • 发布日期:2009-05-11
    • 文件大小:4194304
    • 提供者:growking
  1. 并行遗传退火算法(英语版)

  2. In view of the local search ability of simulated annealing algorithm, a parallel algorithm combining with simulated annealing algorithm and genetic algorithms was proposed, which can overcome premature convergence and find global optima more efficie
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2009-09-24
    • 文件大小:324608
    • 提供者:chen_si_cheng
  1. 数学建模方法:蚁群算法

  2. 标题——作者——出处 基于蚁群优化算法递归神经网络的短期负荷预测 蚁群算法的小改进 基于蚁群算法的无人机任务规划 多态蚁群算法 MCM基板互连测试的单探针路径优化研究 改进的增强型蚁群算法 基于云模型理论的蚁群算法改进研究 基于禁忌搜索与蚁群最优结合算法的配电网规划 自适应蚁群算法在序列比对中的应用 基于蚁群算法的QoS多播路由优化算法 多目标优化问题的蚁群算法研究 多线程蚁群算法及其在最短路问题上的应用研究 改进的蚁群算法在2D HP模型中的应用 制造系统通用作业计划与蚁群算法优化 基于混合
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2010-05-21
    • 文件大小:25165824
    • 提供者:wu_wenyang
  1. 粒子群优化算法应用研究

  2. 将粒子群优化算法应用到到二维Toy模型中进行蛋白质折叠结构预测,提出了一种随机扰动粒子群优化算法, 并与爬山算法、模拟退火算法融合,给出了在Fibonacci测试序列及真实蛋白质序列上的测试结果,取得了良好的效果。
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2011-03-06
    • 文件大小:937984
    • 提供者:wangzhe110
  1. NAMD入门教程

  2. 1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件 2. 分子动力学入门 2.1 基本设置 2.2 生成蛋白质结构文件(PSF) 2.3 蛋白质的溶质化 2.4 球状水体中泛素(Ubiquitin)的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素(Ubiquitin)的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析 3. 分析方法 3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值 3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼(Maxwe
  3. 所属分类:专业指导

    • 发布日期:2013-05-14
    • 文件大小:1048576
    • 提供者:u010696678
  1. 蚁群算法详细资料

  2. 包括: 基于蚁群优化算法递归神经网络的短期负荷预测 蚁群算法的小改进 基于蚁群算法的无人机任务规划 多态蚁群算法 MCM基板互连测试的单探针路径优化研究 改进的增强型蚁群算法 基于云模型理论的蚁群算法改进研究 基于禁忌搜索与蚁群最优结合算法的配电网规划 自适应蚁群算法在序列比对中的应用 基于蚁群算法的QoS多播路由优化算法 多目标优化问题的蚁群算法研究 多线程蚁群算法及其在最短路问题上的应用研究 改进的蚁群算法在2D HP模型中的应用 制造系统通用作业计划与蚁群算法优化 基于混合行为蚁群算法的
  3. 所属分类:专业指导

    • 发布日期:2014-04-25
    • 文件大小:25165824
    • 提供者:kolchakzy
  1. 研究论文-蛋白质折叠过程模型.pdf

  2. 蛋白质折叠过程模型研究一直是蛋白质折叠研究领域的热点课题.就这个问题,提出描述蛋白质折叠过程的拟蛇模型.并且提出一个新的概念,那就是所有蛋白质空间结构都可以通过2种类型函数构造出来,此外, 还从理论方面来证明该模型是可行和正确的.通过与其他蛋白质折叠过程模型的对比实验,结果表明,拟蛇模型所构造的空间结构能量值最小、相似度最好.进而说明拟蛇模型在描述蛋白质折叠过程方面具有明显优势,开辟了研究蛋白质的一种新的途径.
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2019-08-07
    • 文件大小:218112
    • 提供者:weixin_39841882
  1. 线粒体未折叠蛋白反应在细胞应激中的调控研究

  2. 线粒体未折叠蛋白反应在细胞应激中的调控研究,徐曼,毕学苑,线粒体蛋白质稳态对维持细胞正常功能具有重要意义。线粒体未折叠蛋白的负荷与分子伴侣的折叠能力高度精确的匹配,任何影响线粒体
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-03-12
    • 文件大小:1048576
    • 提供者:weixin_38528680
  1. 盐酸胍诱导血红蛋白去折叠的蛋白质膜电化学研究

  2. 盐酸胍诱导血红蛋白去折叠的蛋白质膜电化学研究,麦智彬,戴宗,利用蛋白质膜电化学研究了氯离子(Cl-)及胍阳离子(Gdn+)对盐酸胍(GdnCl)诱导血红蛋白(Hb)去折叠的影响。研究了包埋于双十二烷�
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-02-19
    • 文件大小:533504
    • 提供者:weixin_38646659
  1. 蛋白质多态解折叠行为与稳定性,III解折叠机理与物种分布

  2. 蛋白质多态解折叠行为与稳定性,III解折叠机理与物种分布 ,宋昀奚,名洁,基于结构基元模型,由n个不同结构基元组成的蛋白质或酶,化学变性剂诱导的解折叠曲线表现为(n+1)态,其解折叠过程可按照
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-01-29
    • 文件大小:394240
    • 提供者:weixin_38622227
  1. RNALibrary:一个旨在探索RNA内非编码区的项目,旨在研究特定的折叠结构及其对蛋白质生产的影响-源码

  2. RNA文库 通过ViennaRNA的反向折叠生成大量的mRNA序列,并为以后的物理合成和mRNA二级结构的探索生成度量。 必备软件 该项目的最新代码使用Python 3.8和R 3.6.3语法 我们使用ViennaRNA包,可以在找到其折叠和反向折叠功能 外部R包'gkmSVM'对于某些度量标准生成功能也是必不可少的,可以在找到 作者 彼得·鲍曼·戴维斯(Peter Bowman-Davis),在史蒂芬·弗洛尔(Stephen Floor)博士和林以柱(Yizhu Lin)博士的指导下
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-21
    • 文件大小:39936
    • 提供者:weixin_42138780
  1. rosetta-at-home:为Covid折叠-使用旧笔记本电脑,Raspberry Pi或其他备用计算机帮助应对COVID-19大流行-源码

  2. 为Covid折叠-通过Rosetta home帮助对抗COVID-19 随着最近的COVID-19爆发,R h已被用于预测对该疾病重要的蛋白质的结构以及产生新的,稳定的微型蛋白质,这些蛋白质可用作潜在的治疗方法和诊断方法,例如上面显示的一种。绑定到部分COVID-19穗蛋白。 该项目旨在让您以最少的精力使用尽可能多的设备来启动和运行。如果要手动部署和运行此项目,请继续阅读,如果要将设备添加到全球机队,请继续 硬件兼容性 该项目应在具有1 GB或更多GB RAM的64位OS设备上运行,但我们已
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-20
    • 文件大小:475136
    • 提供者:weixin_42165018
  1. 用于蛋白质折叠的多群混沌粒子群优化

  2. 用于蛋白质折叠的多群混沌粒子群优化
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-19
    • 文件大小:1048576
    • 提供者:weixin_38557757
  1. HYBP_PSSP:一种预测蛋白质二级结构的混合反向传播方法

  2. 即使方法已经成熟,二级结构的预测也是生物信息学领域的重要课题,并且算法的开发远没有十年前活跃。准确的预测本身对生物学家来说非常有用,但值得指出的是,它也是三级结构预测的重要组成部分,相比之下,三级结构预测还远未解决,并且仍然是活跃的研究领域。另外,序列比较方法最近结合了局部结构轨道。新方法利用的额外信息已导致折叠识别和对齐精度的显着提高。本文提出了一种蛋白质二级结构预测的新方法。利用氨基酸的理化特性中包含的进化信息,由PSI-BLAST和HMMER3谱生成的位置特异性得分矩阵作为混合反向传播系统
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-18
    • 文件大小:899072
    • 提供者:weixin_38548421
  1. CAMK1磷酸肌醇信号介导的人肝细胞癌(HCC)中的蛋白质分选和运输网络。

  2. 我们数据分析并构建了高表达CAMK1磷酸肌醇信号介导的蛋白人肝细胞癌(HCC)的分选和转运网络与低表达相比(折叠使用基因整合,在GEO数据集中更改C2)无肿瘤肝炎/肝硬化组织(HBV或HCV感染) 基因本体的基因调控网络推理方法我们的结果表明CAMK1传输子网上游KCNQ3,LCN2,NKX2_5,NUP62,SORT1,STX1A激活的CAMK1和下游CAMK1激活的法新社,ENAH,KPNA2,SLC4A3; CAMK1信号子网上游BRCA1,DKK1,GPSM2,LEF1,NR5A1, N
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-16
    • 文件大小:326656
    • 提供者:weixin_38548231
  1. 2021-Project-86:通过自然语言处理学习共同进化信息以解决蛋白质折叠问题-源码

  2. 2021-Project-86 通过自然语言处理学习协同进化信息,以进行蛋白质折叠问题项目。 学生:MIPT Zverev Egor 顾问:Ilia Igashov,MIPT / INRIA 专家:INRIA的谢尔盖·格鲁迪宁(Sergei Grudinin)/格勒诺布尔阿尔卑斯大学
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-04
    • 文件大小:225280
    • 提供者:weixin_42157556
  1. SOFM-Top:基于序列顺序频率矩阵的蛋白质远程同源性检测和折叠识别

  2. SOFM-Top:基于序列顺序频率矩阵的蛋白质远程同源性检测和折叠识别
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-02
    • 文件大小:429056
    • 提供者:weixin_38637093
  1. 基于Toy模型蛋白质折叠预测的多种群微粒群优化算法研究

  2. 基于Toy模型的蛋白质折叠结构预测问题是一个典型的NP问题。提出了多种群微粒群优化算法用于计算蛋白质能量最小值。该算法采用了一种新的算法结构,在该结构中,每一代的种群被分为精英子种群、开采子种群和勘探子种群三部分,通过改善种群的局部开采能力和全局勘探能力来提高算法的性能。分别采用Fibonacci蛋白质测试序列和真实蛋白质序列进行了折叠结构预测的仿真实验。实验结果表明该算法能够更精确地进行蛋白质折叠结构预测,为生物科学研究提供了一条有效途径。
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-22
    • 文件大小:563200
    • 提供者:weixin_38703123
  1. BioX:探索使用变压器对蛋白质折叠生物信息学进行预训练的BERT-源码

  2. BioX 探索使用变压器对蛋白质折叠生物信息学进行预训练的BERT
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-16
    • 文件大小:618496
    • 提供者:weixin_42100129
  1. dspp-keras:Keras,Tensor Flow和Edward框架的蛋白质有序和无序数据,具有针对连续学习应用的自动更新周期-源码

  2. 介绍 dspp-keras是dspp-keras集成,它提供7200+个不相关蛋白质的氨基酸序列,具有形成二级结构或保持无序的倾向。 我们强烈建议您阅读本文档的其余部分,在FAQ部分中滚动,并从example/目录中训练测试模型。 重要的是,请阅读我们文件。 蛋白质类 蛋白质是由20个氨基酸组成的复杂生物分子,它们依次连接成长的非分支链。 通常称为多肽链。 多肽链的独特空间排列产生3D分子结构,该结构定义了蛋白质功能以及与其他生物分子的相互作用。 尽管控制蛋白质3D结构形成的基本力是众所周
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-05
    • 文件大小:30720
    • 提供者:weixin_42166261
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