为优化生物多序列比对问题,降低计算难度,提高计算效率,采用遗传算法模拟多序列比对,构造了四种简单的交叉算子及三种后处理方式,分析交叉算子和交叉后处理方式对多序列比对结果的影响。通过实验比较,结果表明多行横向交叉的计算效果最好,后处理方式cross4to2能有效缩短计算时间,二者相结合能很大提高遗传算法的计算效率,从而达到优化多序列比对的目的.