金关二期海关特殊区域管理系统包括保税物流、保税加工等的海关业务管理，系统以企业为单元、以账册(T账册)和记帐凭证(核注清单等)管理作为基础、区域为整体进行一体化规划和作业流程设计，将区内企业的货物流、单证流和海关的信息流有机结合，实现数据智能化管理，对进出区域的货物的进、出、转、存等环节实施全方位监管。