该代码支持（Hoyer等人，2020， //doi.org/fhq2），该文件描述了由Fondong等人最初描述的感染性克隆质粒的深度测序。 （2000年，2011年）。 发行它是为了提高透明度，以帮助理解工作。 我通过GitHub存储库将代码存档在Zenodo.org（记录 ）上。 如果有人可以重用代码（在调整路径之后），那很棒，但这不是这里的主要目标。 有关序列读取存档中的数据，请参见 论文中的相关句子：“用CutAdapt 1.16修剪读物，并使用Burrows-Wheeler Ali