设计实现了一种使用统一计算设备架构(CUDA)加速DNA-蛋白质匹配的方法。详细介绍了一种基于退火算法的DNA-蛋白质匹配方法和CUDA的特点，从计算的角度对匹配方法进行了分析。基于CUDA设计实现并行化方法，并根据CUDA的线程调度策略对并行方法进行了优化。实验结果表明，最大可获得15倍左右的加速比。