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mrbayes算法实现进化树
mrbayes算法实现代码,mrbayes算法是生物信息学中研究生物进化(DNA,蛋白质进化)的一个重要的算法。
所属分类:
其它
发布日期:2009-11-09
文件大小:505856
提供者:
ibeastman
进化计算的学习资料PPT
本文对“进化计算”的历史、现状与展望进行了系统地综述。进化计算是20 世纪 90 年代兴起的一门模拟生物进化与遗传规律的计算学科。目前已发展成为与人工神经网络、 模糊逻辑相并列的智能计算支撑技术。进化计算最重要的应用是传统优化方法无法或难以解 决的科学与工程中的复杂优化问题。与传统优化方法相比,进化计算的优势在于全局优化性、 梯度信息不依赖性、简单易实施等。当前,进化计算主要由遗传算法、遗传编程、进化策略、 进化编程、DNA计算、分子计算等不同的分支组成。文中简介了它们的基本原理、异同点和 适
所属分类:
其它
发布日期:2010-09-20
文件大小:474112
提供者:
hhyyzc
进化算法在DNA序列比对中的应用
关于生物信息学的资料 上面是进化算法在基因序列中的应用
所属分类:
咨询
发布日期:2012-05-06
文件大小:174080
提供者:
alantuling
DNA进化算法及其应用研究
在遗传算法的基础上提出DNA基础算法,利用验证函数验证算法的正确性,在基本DNA算法的基础上提出改进措施,如与自适应和模拟退火算法结合等等,大量的实验课验证其正确性
所属分类:
专业指导
发布日期:2012-12-12
文件大小:1037312
提供者:
chengxinmei
基于自适应改进的DNA进化算法
对基础DNA算法中的固定概率进行自适应改进,并实验证明算法的有效性
所属分类:
其它
发布日期:2012-12-12
文件大小:2048
提供者:
chengxinmei
基于模拟退火法改进的DNA进化算法
对基本DNA进化算法局部性能不好的特点,引入模拟退火算法结合,并实验证明其有效性
所属分类:
其它
发布日期:2012-12-12
文件大小:3072
提供者:
chengxinmei
遗传算法综述研究
遗传算法是模拟生物进化过程的一类随机性全局优化算法,广泛应用于化工过程的建模与优化中。然而遗传算法的局部搜索能力较弱、易早熟收敛,而且常用的二进制编码方法不能表达丰富的遗传信息,因此在其计算模型中没有反映出遗传信息对生物体的调控作用,尤其是起关键作用的DNA编码机制的调控作用。近年来,随着DNA计算的发展,人们发现基于DNA的智能系统能反映生物体的遗传信息,有利于发展功能更强大、能解决更复杂问题的智能方法。受DNA生物特性的启发,本文对DNA遗传算法及应用进行了深入的研究,主要研究工作如下:(
所属分类:
电信
发布日期:2012-12-26
文件大小:11534336
提供者:
qinjie62206771
DNA strand generation for DNA computing by using a mode
用多目标差分进化算法求解DNA编码问题,给出了具体编码结果及比较
所属分类:
其它
发布日期:2014-06-20
文件大小:809984
提供者:
u014213578
系统进化树构建
系统进化树的构建,下面介绍几个软件的使用。首先是PHYLIP。其是多个软件的压缩包,下载后双击则自动解压。当你解压后就挥发现PHYLIP的功能极其强大,主要包括五个方面的功能软件:i,DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii,序列数据转变成距离数据后,对距离数据分析的软件。 iii,对基因频率和连续的元素分析的软件。iv,把序列的每个碱基/氨基酸独立看待(碱基/氨基酸只有0和1的状态)时,对序列进行分析的软件。v,按照DOLLO简约性算法对序列进行分析的软件。vi,绘制和修改进化树的软件。在此,
所属分类:
讲义
发布日期:2015-08-07
文件大小:232448
提供者:
qq_30424073
动态规划和序列对比
动态规划是序列分析中常用的一种算法技术。动态规划是用来当递归可以使用但会效率低下,因为它会重复解决相同的问题。例如,考虑斐波那契数列:0,1,1,2,3,5,8,13,…第一个和第二个Fibonacci数被定义为0和1,分别。第n个Fibonacci数定义为前两个Fibonacci数的总和。因此,您可以使用递归函数计算第n个斐波那契数 同源性是一个重要的生物学概念。两个物种被认为是同源的,如果他们有一个共同的进化祖先。同种物种有许多共同的DNA的部分。反之,如果两个物种有类似的子串的DNA,你可
所属分类:
Java
发布日期:2016-08-10
文件大小:4194304
提供者:
qq_19321473
用新方法-H曲线构建DNA序列的系统进化树
本文通过以下方法展示了代表线粒体DNA序列的H曲线:压缩H曲线的距离,基于H曲线平均散度的距离以及基于H曲线两点之差的距离,以计算H曲线。八种线粒体DNA的距离矩阵,然后使用Kruskal算法构建DNA序列的系统进化树。
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-10
文件大小:257024
提供者:
weixin_38692122
鸟类基因组进化树的构建与分析
本文选取了47种鸟类的基因组作为研究对象,根据靶定下一代DNA测序技术(targeted next-generation DNA sequencing)得到的394个保守片段的DNA序列数据,统计了从9联体到14联体的频数及其频率,基于k联体(k-mer)非联配算法得到了任意两种鸟类之间k联体的距离矩阵,并运用邻接(Neighbor-Joining).法构建了47种鸟类的进化树,发现当k = 12时达到稳定。最后,通过将该树与Prum和Jarvis构建的进化树进行了比较,分析了鸟类的进化和分类.
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-07
文件大小:1048576
提供者:
weixin_38698403
基于文化遗传算法的DNA编码序列设计
DNA编码问题是DNA计算的关键,然而,它已被证明为NP困难问题,通常采用优化算法求解。针对传统遗传算法缺乏有效指导,容易陷入局部极值的缺点,结合文化算法采用种群空间和信念空间的双层进化结构进行寻优,提出了一种基于遗传算法和文化算法的混合优化算法用于解决DNA编码问题。仿真结果表明该混合算法能有效地用于DNA编码序列设计。
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-21
文件大小:226304
提供者:
weixin_38655878
问题解决方案最大权重子矩阵MWS--源码
实用程序最大重量子矩阵(MWS)的Pfa-Résolution:随机优化算法(ROA),遗传算法(GA)和进化规划(EP) 癌症是由遗传变化(例如DNA的体细胞突变)引起的所有疾病的名称。 这些突变发生在细胞分裂过程中。 基因组测序是一种已用于分析体细胞突变的技术。 因此,为了应对这些体细胞突变,启动了许多项目,例如国际癌症基因组联盟,其目的是绘制最危险的癌症类型的基因突变图。 为了评估来自这些项目的数据,生物信息学的挑战之一是要找出导致肿瘤发生的驱动子突变与乘客突变之间的区别,已知这些突变是
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-10
文件大小:6144
提供者:
weixin_42097450