MQ编码是一种无损数据压缩技术，已被JPEG2000标准采用，其高复杂度成为JPEG2000系统实现的速度瓶颈。本文在分析MQ编码算法软件流程的基础上提出了一种优化的基于流水线处理的MQ编码算法；并利用Xilinx FPGA的可编程特性详细地将此算法模块化，最后实现仿真验证。