不同版本的UNIX之间也存在很大的安全差别。对于转到UNIX的Linux开发人员来说，这些差别不太明显，但是很重要。例如，有些和UNIX类似的操作系统会进行强制的访问控制，而有的则不会。对于开发人员而言，理解线程和进程是尤其重要的。在UNIX的变体里，线程常常会被单独处理，而执行则由系统来计划安排。而在Linux里，进程和线程事实上没有区别。在UNIX里，同一个进程里的线程会共享内存，但是Linux的进程会创建另外的进程，并能够定义哪些资源可以被共享，而哪些不能。