MiSeqDualIndx 改进的DUAL-INDEXING方法处理ILLUMINA MISEQ结果的管道 该协议基于Fadrosh等人提到的管道。 （Microbiome，2014年），为github ，也由Alesei Korzshenkov在 。 在这种情况下，将双索引测序方法与在引物设计上使用异质性间隔子相结合，以提高读段的质量。 从1到4的步骤完成了流水线的第一阶段，在该阶段将对末端的读段进行连接，修整和清洗，并将条形码与读段分开。 在Qiime下执行进一步的步骤以完成最终多路分解