PGP加密由一系列散列、数据压缩、对称密钥加密，以及公钥加密的算法组合而成。每个步骤支持几种算法，可以选择一个使用。每个公钥均绑定唯一的用户名和/或者E-mail地址。这个系统的第一个版本通常称为可信Web或X.509系统；X.509系统使用的是基于数字证书认证机构的分层方案，该方案后来被加入到PGP的实现中。当前的PGP加密版本通过一个自动密钥管理服务器来进行密钥的可靠存放。