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基于高通量RNA测序的大鼠转录组注释研究
基于高通量RNA测序的大鼠转录组注释研究
所属分类:
讲义
发布日期:2014-12-12
文件大小:368
提供者:
luomei2012
RNA Sequence, Structure, and Function Computational and Bioinformatic Methods
二代测序原理涉及RNA测序,RNA结构和RNA功能计算以及RNA数据分析处理的生物信息学方法。
所属分类:
医疗
发布日期:2018-05-25
文件大小:12582912
提供者:
ruan_wei_dong
高通量测序与大数据分析-农学篇
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展,科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序(de novo sequencing),获得该物种的参考序列,为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种,进行全基因组重测序(resequencing),在全基因组水平上扫描并检测突变位点,发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行全转录组测序(whole transcr iptome resequencing),从而开
所属分类:
讲义
发布日期:2018-01-25
文件大小:68157440
提供者:
licnyyu
《高通量测序与大数据分析-农学篇》多组学研究.
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展,科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序(de novo sequencing),获得该物种的参考序列,为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种,进行全基因组重测序(resequencing),在全基因组水平上扫描并检测突变位点,发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行全转录组测序(whole transcr iptome resequencing),从而开
所属分类:
讲义
发布日期:2018-01-25
文件大小:17825792
提供者:
licnyyu
《高通量测序与大数据分析-医学篇》微生物组研究
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展,科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序(de novo sequencing),获得该物种的参考序列,为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种,进行全基因组重测序(resequencing),在全基因组水平上扫描并检测突变位点,发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行全转录组测序(whole transcr iptome resequencing),从而开
所属分类:
讲义
发布日期:2018-01-25
文件大小:23068672
提供者:
licnyyu
利用深度测序法检测并构建鼻咽癌紫杉醇耐药lncRNA差异表达谱
利用深度测序法检测并构建鼻咽癌紫杉醇耐药lncRNA差异表达谱,李果,王芸芸,目的:本研究探讨分析长链非编码RNA在鼻咽癌紫杉醇耐药细胞中的变化情况,为鼻咽癌紫杉醇耐药机制的探索提供新的线索。方法:通过
所属分类:
其它
发布日期:2020-02-21
文件大小:440320
提供者:
weixin_38748055
利用Solexa测序技术鉴定苋菜试管开花过程中的Small RNAs
利用Solexa测序技术鉴定苋菜试管开花过程中的Small RNAs,刘生财,林玉玲,本研究首次对苋菜试管开花过程中小RNA文库进行构建和Solexa测序。研究结果表明:共得到Unique序列5,457,486条,其中与拟南芥基因组完全匹
所属分类:
其它
发布日期:2020-02-19
文件大小:473088
提供者:
weixin_38590738
用于新一代测序的small non-coding RNA库构建方法研究
用于新一代测序的small non-coding RNA库构建方法研究,张启坤,徐根明,如何快速而有效的富集我们感兴趣的small non-coding RNA(smRNA),并应用于新一代测序,是当前研究者关注的热点问题。本文主要研究用割�
所属分类:
其它
发布日期:2020-01-04
文件大小:419840
提供者:
weixin_38652196
利用Solexa测序技术鉴定柑橘试管苗叶片中的miRNAs
利用Solexa测序技术鉴定柑橘试管苗叶片中的miRNAs,陈晓东,林玉玲,本研究第一次对柑橘试管苗叶片进行小RNA文库构建和Solexa测序。研究结果表明:共得到Unique 序列3,065,625条,其中miRNA占0.68%;10.44%的Unique
所属分类:
其它
发布日期:2020-01-03
文件大小:368640
提供者:
weixin_38680764
利用小RNA深度测序鉴定锦紫苏类病毒
利用小RNA深度测序鉴定锦紫苏类病毒,齐水水,姜冬梅,类病毒是一类可以侵染高等植物的特殊病原体,在特定的宿主中可以影响其正常的生理、生化功能和生长发育过程,并可以引起植物发病
所属分类:
其它
发布日期:2020-01-02
文件大小:748544
提供者:
weixin_38726441
CoDA_scRNAseq:一个用于对单细胞RNA测序(scRNA-seq)进行成分数据分析(CoDA)基准测试的存储库-源码
CoDA_scRNAseq 一个用于对单细胞RNA测序(scRNA-seq)进行成分数据分析(CoDA)基准测试的存储库
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-10
文件大小:19922944
提供者:
weixin_42159267
twiner:Twiner是基于网络的正则化参数,基于两个数据集之间的相关性模式。 在目前的情况下,它被用来促进对与DNA微阵列和RNA测序表达值数据相关的特征的选择。 两个平台中的基因之间的相关性越高,与之相关的惩罚项越低-源码
缠绕 Twiner是基于网络的正则化参数,基于两个数据集之间的相关性模式。 在本研究中,它被用来促进与DNA微阵列和RNA测序表达值数据相关的特征的选择。 两个平台中的基因之间的相关性越高,与其相关的惩罚项越低。 Twiner代码文件包含: 用于GEO研究的微阵列数据采集 微阵列预处理步骤-分位数归一化 用于微阵列研究的数据集成-ComBat用于批次校正 用于TCGA研究的RNA测序数据采集 RNA测序跨平台与微阵列整合-分位数归一化 带有稀疏逻辑回归的分类模型:6.1。 弹性净罚分6.2。
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-08
文件大小:21504
提供者:
weixin_42113456
通过深度测序揭示植物中发育和环境响应中的交替聚腺苷酸化作用而产生的转录组动力学
聚腺苷酸化位点标记mRNA转录物的末端。 替代的聚腺苷酸化(APA)可能会改变序列元素和/或转录本的编码能力,该机制已被证明可调节基因表达和转录组多样性。 为了研究APA在转录组动力学中的作用,我们分析了RNA的大规模数据集表示聚(A)位点和mRNA表达水平的“标签”。 这些标签来自突变或暴露于环境处理的各种组织和发育阶段,并使用基于数字基因表达(DGE)的大规模平行签名测序(MPSS-DGE)和Illumina合成测序方案生成(SBS-DGE)测序平台。 数据提供了APA的全局视图以及它如何促
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-23
文件大小:815104
提供者:
weixin_38645208
scShapes:用于建模和识别单细胞RNA测序数据中差异分布的统计框架-源码
scShapes 我们提出了一种新的统计框架,用于通过使用广义线性模型(GLM)对基因表达读取计数进行建模,从而确定治疗条件之间单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中的差异分布。 我们使用对数链接函数和基于模型的差异归一化,在每种治疗条件下使用误差分布泊松(P),负二项式(NB),零膨胀泊松(ZIP)和零膨胀负二项式(ZINB)独立地对每个基因建模在测序深度上。 由于我们框架中考虑的所有四个分布都属于同一分布家族,因此我们首先执行Kolmogorov-Smirnov(KS)测试以选择属于
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-17
文件大小:29696
提供者:
weixin_42102401
CC_Singlecell:一个致力于使用单细胞RNA测序数据(scRNA-seq)和伪时间来改善结肠癌诊断和结果的项目-源码
CC_Singlecell 一个项目致力于使用单细胞RNA测序数据(scRNA-seq)和伪时间来改善结肠癌的诊断和结果。
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-16
文件大小:834666496
提供者:
weixin_42154650
RNA测序分析-源码
RNA测序分析
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-16
文件大小:289792
提供者:
weixin_42116794
GenomicProcessingPipeline:用于处理“原始”基因组数据的管道(全基因组测序,RNA测序和靶标捕获测序)-源码
基因组处理管道 用于处理“原始”基因组数据的管道(全基因组测序,RNA测序和靶标捕获测序)
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-16
文件大小:28672
提供者:
weixin_42160252
测序分析-源码
测序分析 开发管道并测试用于单细胞RNA序列数据分析的不同方法。 通过ssh远程连接在Linux服务器/群集上运行分析。
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-12
文件大小:52428800
提供者:
weixin_42116058
T-cell_Project:SARS-CoV-2表位特异性CD4 +和CD8 + T细胞的分析-SmartSeq2单细胞RNA测序。 TCR库分析和scRNA-seq分析-源码
T-cell_Project:SARS-CoV-2表位特异性CD4 +和CD8 + T细胞的分析-SmartSeq2单细胞RNA测序。 TCR库分析和scRNA-seq分析
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-10
文件大小:103424
提供者:
weixin_42161450
RNASeqTool比较:数据科学高级项目:比较RNA测序工具-源码
RNASeqTool比较 数据科学高级Capstone项目:比较RNA测序差异基因表达分析工具 在这个项目中,我们想在使用不同数量的差异表达基因创建的模拟数据上比较不同的差异基因表达分析工具。 运行项目 使用命令launch.sh -i buijoseph21/rna-seq-tool-comparison:v1 -m 6来获取来自compcodeR的必要软件(例如, generateSyntheticData , runDiffExp , ABSSeq , PoissonSeq等)以生成综合数
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-08
文件大小:77594624
提供者:
weixin_42099815
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