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搜索资源列表

  1. tidybulk:将转录组学带到tidyverse-源码

  2. tidybulk-tidyTranscr iptomics的一部分 将转录组学带到tidyverse！ 该代码是根据GNU通用公共许可证的版本3发布的。 网址： 请也看看 用于批量数据的整洁表示 用于单细胞数据的整洁表示 用于单细胞数据的整洁表示 用于通过整洁的原理分析和操作生成的热图 进行整洁的高级数据分析和处理 用于向您的添加自定义门信息 可用功能/实用程序 功能 描述 identify_abundant 鉴定丰富的基因 aggregate_duplicates 以可靠的方式聚集大量和重复

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：5242880
    • 提供者：weixin_42139460

  1. LTS-A_Andersson_2010-MASCSEQ:长期支持项目“真核生物浮游生物的大规模和并行单细胞测序”存储库-源码

  2. A_Andersson_2010-MASCSEQ 介绍 该存储库包含主要用于NBIS长期支持项目A_Andersson_2010的RNA序列分析的代码。 将分析两个RNA-seq文库： NGI ID 用户身份 生物 恐惧 > = Q30（％） P18363_101 Ph6B 三角骨检（硅藻） 207.86 95.02 P18363_103 氦气2B Heterocapsa sp。 （鞭毛藻） 158.81 95.94 设置 从文件创建一个conda环境： conda e

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：972800
    • 提供者：weixin_42105816

  1. scGEAToolbox:scGEAToolbox-源码

  2. scGEAToolbox-用于单细胞RNA序列数据分析的Matlab工具箱 介绍 动机：单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术彻底改变了生物医学科学领域的研究方法。它为研究细胞异质性和基因表达变异性提供了单个细胞前所未有的分辨率。由于数据的稀疏性和高维性，因此分析scRNA-seq数据具有挑战性。结果：我开发了scGEAToolbox —一种用于scRNA-seq数据分析的Matlab工具箱。它包含用于数据归一化，功能选择，批处理校正，插补，单元格聚类，轨迹/伪时间分析和网络构建的一整套功能

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：211812352
    • 提供者：weixin_42165018

  1. CAISC:CAISC（具有SNV和CNV集成的克隆体系结构）-源码

  2. CAISC（存储库将在2021年4月1日之前完全更新） CAISC代表具有SNV和CNV集成的克隆体系结构，是一种软件，该软件集成了拷贝数变异和单核苷酸突变，可通过单细胞RNA测序进行遗传异质性分析和亚克隆检测 手稿 问题？ 如果您对使用CAISC有任何疑问，可以在此处打开一个新期刊，也可以通过电子邮件向以下维护者之一发送电子邮件。 安装 管道 我们提出了具有SNV和CNV集成的克隆体系结构（CAISC），这是一种新的子克隆检测算法，该算法集成了SNV和CNV数据以获取更准确和更强大的聚类结果

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42135073

  1. Ritmic:肿瘤微环境组成调节包装-源码

  2. 商标 该RiTMIC [R包进行虚拟从RNA测序的RNA测序数据模拟，数据组学的个性化差异分析随着penda的分析，并提供工具进行可视化。 安装 要从github获取当前的开发版本： git clone https://github.com/bcm-uga/RiTMIC.git cd RiTMIC R 构建包 install.packages( " devtools " ) # mixtools htmltools scales yaml lazyeval plyr rlang ggplot

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：31744
    • 提供者：weixin_42133918

  1. CTCAnalysis-源码

  2. CTC分析 CTC分析是我们在Giannakakou实验室进行的CTC RNA测序分析的软件包。 安装 您可以使用从github安装来自github的CTCAnalysis的发行版本： if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " ) devtools :: install_github( " nijibabulu/CTCAnalysis " )

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：22528
    • 提供者：weixin_42106765

  1. CoDA_scRNAseq:一个用于对单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行成分数据分析（CoDA）基准测试的存储库-源码

  2. CoDA_scRNAseq 一个用于对单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行成分数据分析（CoDA）基准测试的存储库

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：19922944
    • 提供者：weixin_42159267

  1. treesne-源码

  2. 树状SNE t-SNE和层次聚类是探索性数据分析的流行方法，特别是在生物学中。 在加快t-SNE并获得更细粒度结构的最新进展的基础上，我们将两者结合起来创建树SNE，这是一种基于堆叠一维t-SNE嵌入的层次化聚类和可视化算法。 我们还介绍了alpha聚类，它基于多个规模的聚类稳定性，推荐了最佳的聚类分配，而无需预知聚类的数量。 我们证明手写数字图像，血细胞的大规模细胞计数（CyTOF）数据和视网膜细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据对树SNE和alpha聚类的有效性。 此外，为了证

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-08
    • 文件大小：14680064
    • 提供者：weixin_42115513

  1. twiner:Twiner是基于网络的正则化参数，基于两个数据集之间的相关性模式。 在目前的情况下，它被用来促进对与DNA微阵列和RNA测序表达值数据相关的特征的选择。 两个平台中的基因之间的相关性越高，与之相关的惩罚项越低-源码

  2. 缠绕 Twiner是基于网络的正则化参数，基于两个数据集之间的相关性模式。 在本研究中，它被用来促进与DNA微阵列和RNA测序表达值数据相关的特征的选择。 两个平台中的基因之间的相关性越高，与其相关的惩罚项越低。 Twiner代码文件包含： 用于GEO研究的微阵列数据采集 微阵列预处理步骤-分位数归一化 用于微阵列研究的数据集成-ComBat用于批次校正 用于TCGA研究的RNA测序数据采集 RNA测序跨平台与微阵列整合-分位数归一化 带有稀疏逻辑回归的分类模型：6.1。 弹性净罚分6.2。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-08
    • 文件大小：21504
    • 提供者：weixin_42113456

  1. covid-quantification:量化COVD-19感染RNA-Seq样品的管道-源码

  2. 人类基因和SARS-CoV-2转录本的RNA-Seq定量管线，使用的是烟管和蛇形 这条管线使用鲑鱼量化RNA测序样品和编译探索性分析的转录物的TPM与这个工作流程中，所述的最终输出文件results_TPM.tsv ，可以直接导入在MetaOmGraph与元数据文件一起。 建立conda环境 请安装conda 运行conda env create -f env.yaml 激活环境： conda activate pyrpipe_covid 准备参考数据 要下载使用的参考数据，请运行以下命令

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-07
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42159267

  1. ML_purity-源码

  2. 基于RNA测序的基因表达数据预测肿瘤纯度 机器学习模型可估计基于TCGA RNA测序的基因表达数据所训练的肿瘤纯度。 用于高通量分子谱分析的大块肿瘤样品通常是癌细胞和非癌细胞的混合物。 混合物中肿瘤细胞的比例称为肿瘤纯度。 混合的成分会混淆分析并影响结果的生物学解释，因此准确预测肿瘤的纯度至关重要。 下载 文件大小为25 MB或更小的机器学习模型已上载到此存储库。 其他模型可在。 资料准备 要使用这些模型，需要量化FPKM的对数转换值（log2（FPKM + 1））。 应该通过GDC的mRNA

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    • 发布日期：2021-03-05
    • 文件大小：58720256
    • 提供者：weixin_42112894

  1. 寻找RNA：全面的质量控制和定量RNA-seq流程-源码

  2. 寻求RNA 用于分析RNA序列数据的开源，可复制和可扩展的解决方案。 目录 2.1 2.22.32.4 3.13.2 3.3 1.简介 RNA测序（ RNA-seq ）具有广泛的应用。 这种流行的转录组分析技术可用于定量基因和同工型表达，检测其他剪接事件，预测基因融合，调用变体等等。 RNA-seek是一个全面的开放源代码RNA-seq管道，它依赖于诸如和来保持最高水平的可重复性。 该管道包括由精心策划的一系列数据处理和质量控制步骤， 是一种灵活且可扩展的工作流管理系统，用于将作业提交给集群

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-04
    • 文件大小：6291456
    • 提供者：weixin_42110469

  1. 拉姆达克-源码

  2. 该管道可以分析来自全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法的数据。 介绍 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 快速开始 一世。 安装 ii。 安装或以实现完整的管道重现性（请参阅 ）。 请注意，ramdaq不支持conda。 iii。 自动下载管道并使用单个命令在最小数据集上对其进行测试 nextflow run rikenbit/ramdaq -profile test,

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-27
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42132056

  1. OpenDBA：GPU加速的动态时间扭曲（DTW）重心平均-源码

  2. OpenDBA的 GPU加速的动态时间扭曲（DTW）重心平均 tl; dr该代码使大型时序数据集的平均速度比现有的基于单线程CPU的方法至少快100倍，并且作为奖励可生成距离矩阵，从而有助于扭曲的时间序列聚类分析（例如，纳米Kong直接的白盒分析） RNA测序信号）。 编译中 需要CUDA Toolkit 7或更高版本： : 此代码仅在Linux上经过测试。 make 如果要在Compute Capability小于6.1（〜2016之前制造）的GPU上运行此代码，则需要通过以下方式从

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-27
    • 文件大小：11534336
    • 提供者：weixin_42138376

  1. RiTMIC：调节肿瘤微环境组成的包装-源码

  2. 商标 该RiTMIC [R包进行虚拟从RNA测序的RNA测序数据模拟，数据组学的个性化差异分析随着penda的分析，并提供工具进行可视化。 安装 要从github获取当前的开发版本： git clone https://github.com/bcm-uga/RiTMIC.git cd RiTMIC R 构建包 install.packages( " devtools " ) # mixtools htmltools scales yaml lazyeval plyr rlang ggplot

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：28672
    • 提供者：weixin_42122986

  1. scShapes：用于建模和识别单细胞RNA测序数据中差异分布的统计框架-源码

  2. scShapes 我们提出了一种新的统计框架，用于通过使用广义线性模型（GLM）对基因表达读取计数进行建模，从而确定治疗条件之间单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的差异分布。 我们使用对数链接函数和基于模型的差异归一化，在每种治疗条件下使用误差分布泊松（P），负二项式（NB），零膨胀泊松（ZIP）和零膨胀负二项式（ZINB）独立地对每个基因建模在测序深度上。 由于我们框架中考虑的所有四个分布都属于同一分布家族，因此我们首先执行Kolmogorov-Smirnov（KS）测试以选择属于

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：29696
    • 提供者：weixin_42102401

  1. RNA测序分析-源码

  2. RNA测序分析

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-16
    • 文件大小：289792
    • 提供者：weixin_42116794

  1. 测序分析-源码

  2. 测序分析 开发管道并测试用于单细胞RNA序列数据分析的不同方法。 通过ssh远程连接在Linux服务器/群集上运行分析。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：52428800
    • 提供者：weixin_42116058

  1. T-cell_Project：SARS-CoV-2表位特异性CD4 +和CD8 + T细胞的分析-SmartSeq2单细胞RNA测序。 TCR库分析和scRNA-seq分析-源码

  2. T-cell_Project：SARS-CoV-2表位特异性CD4 +和CD8 + T细胞的分析-SmartSeq2单细胞RNA测序。 TCR库分析和scRNA-seq分析

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-10
    • 文件大小：103424
    • 提供者：weixin_42161450

  1. RNASeqTool比较：数据科学高级项目：比较RNA测序工具-源码

  2. RNASeqTool比较 数据科学高级Capstone项目：比较RNA测序差异基因表达分析工具 在这个项目中，我们想在使用不同数量的差异表达基因创建的模拟数据上比较不同的差异基因表达分析工具。 运行项目 使用命令launch.sh -i buijoseph21/rna-seq-tool-comparison:v1 -m 6来获取来自compcodeR的必要软件（例如， generateSyntheticData ， runDiffExp ， ABSSeq ， PoissonSeq等）以生成综合数

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-08
    • 文件大小：77594624
    • 提供者：weixin_42099815
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