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搜索资源列表

  1. SAMtools软件

  2. samtools用于sam格式的文件和其他格式文件的转换，以及对sam文件的管理

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2015-12-29
    • 文件大小：378880
    • 提供者：gaomeihong1993

  1. samtools-0.1.9

  2. breakdancer软件依赖的samtools版本软件，正确的版本有助于breakdancer的使用

  3. 所属分类：软件测试

    • 发布日期：2018-12-14
    • 文件大小：349184
    • 提供者：zhangyikai2017

  1. DE-nf-源码

  2. DE-nf：管道V1.0 在流水线下一步处理中，分析整体表达的差异性RNAseq。 描述 FASTA issus deséquençageNGS的RNAseq补全品和分析产品的流水线。 媒体报导： STAR重新定位（选项）。 Alignement des通过STAR朗读法语课程。 通过htseq-count交叉路口的SAM sur l'annotation deréférence。 Élaborationde la matrice finale de compcomp蛮力。 通过DE

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：8388608
    • 提供者：weixin_42132598

  1. HMMploidy：使用隐马尔可夫模型从基因型可能性和覆盖率计算倍性水平的工具-源码

  2. HMM倍性：基于基因型和覆盖率的隐马尔可夫模型，用于推断倍性水平。 推断倍性水平，检测非整倍性和其他物质的工具。 计算其等位基因频率和基因型可能性，需要下载以下内容： python 3，带有gzip, numpy, scipy, statistics软件包 R，带有pracma, data.table, Rcpp, getopt包pracma, data.table, Rcpp, getopt samtools 多倍体数据模拟 概述：模拟多倍体生物并以mpileup.gz格式输出 simu

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-28
    • 文件大小：52224
    • 提供者：weixin_42127020

  1. 剧本-源码

  2. Jordbear的脚本 概述 该存储库包含为各种目的而开发的许多脚本。 用于分析DNA测序数据 编写了许多Bash脚本，以使用免费和开源的生物信息学工具自动执行DNA测序数据的处理。 所使用的工具包括但不限于：Trimmomatic，Bowtie2，HISAT2，Samtools，Picard和Bedtools。 在适当的情况下，需要安装这些工具才能成功运行脚本。 强烈建议将包含使用脚本的目录添加到PATH变量，以便Bash终端可以轻松调用它们。 编写了许多Python脚本来整理和绘制来自处

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-22
    • 文件大小：171008
    • 提供者：weixin_42116604

  1. Z-chromosome_analysis_hirundo：分析家燕中Z连锁和常染色体基因组变异的工作流程-源码

  2. 燕子Z连锁基因组变异的分析 以下是有关我们对燕子种群基因组中遗传多样性和分化的分析中的数据处理和分析步骤的详细信息，重点是Z染色体和常染色体的比较，以了解控制性别相关变异的机制和Z的作用物种中的染色体。 此工作流程是Schield等人中的描述的辅助工具。 （评论中）。 以下步骤取决于以下软件，并假定依赖项位于用户路径上： conda 微动 wa GATK（v3.8-1-0和v4.0.8.1） samtools / bcftools / htslib / bgzip / tabix vc

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-19
    • 文件大小：5120
    • 提供者：weixin_42150341

  1. POP序列-源码

  2. 分析POP-seq数据的管道（从比对到峰调用） 图1： K562细胞中POP-seq方案的完整工作流程和数据分析（A）使用trizol裂解细胞以产生三个相（水相，相间和有机相）。 使用RNase A / T1混合物，蛋白酶K和DNase消化来自POP-seq变体的细胞裂解液，然后进行r-RNA消耗，RNA质量检查和文库制备以进行照明测序（B）POP-seq数据处理和下游分析的工作流程。 先决条件 根据用户手册安装以下软件： fastqc（ ） Samtools（ ） Bedtools

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：970752
    • 提供者：weixin_42134234

  1. modules：用于托管Nextflow DSL2社区专用于工具的模块文件的存储库！-源码

  2. 此存储库正在积极开发中。 语法，组织和布局如有更改，恕不另行通知！ 请联系我们的代码审阅者，每个模块提交一个请求：) 用于托管模块文件的存储库，文件包含特定于工具的过程定义及其相关文档。 目录 使用现有模块 存储在此存储库中的模块文件定义了用于软件工具（例如fastqc ， bwa ， samtools等）的一组过程。这使您可以模块化的方式跨多个管道共享和添加通用功能。 我们在nf-core/tools包中编写了一个帮助程序命令，该命令使用GitHub API获取该存储库的目录中存在的模块文

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：40894464
    • 提供者：weixin_42117150

  1. RNA-seq-workshop：RNA-seq-workshop-源码

  2. RNA序列工作室 这次RNA-seq研讨会旨在让您开始自己的RNA-seq分析，并假设您已经熟悉bash和R的基础知识。 我们将使用NeSI HPC进行某些分析，因此请确保您拥有NeSI帐户并且能够登录。 浏览讲习班的准备文件，以确保您准备： 研讨会大纲（上午9点至下午4点） RNA序列概述 如何QC一个fastq？ 如何修剪序列文件？ 修整质量 适配器修整 如何使用HISAT2在参考上比对测序读数 创建参考序列 对齐参考上的读数 定义对齐格式 SAMtools简介 如何获得计数矩阵

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42161497

  1. 基因功能-源码

  2. 功能性人类基因的特征。 所需的依赖项 软件 使用的程式 参考 access_py.py Bhandari等人，2019 床具 昆兰，2014 blastn; makeblastdb Altschul等，1990 CPC2.py 康等人，2017 IntaRNA 曼恩等人，2017 景观 Rivas等人，2017 bgzip; samtools Li等，2009 Tabix 李2011 bigWigSummary; bigWigToBedGraph; liftOver;

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42123237

  1. samtools:用于处理下一代测序数据的工具（使用htslib用C语言编写）-源码

  2. samtools 这是samtools的官方开发资料库。 原始的samtools软件包已分为三个独立但紧密协调的项目： ：处理高通量测序数据的C库 samtools：用于处理SAM，BAM，CRAM的mpileup和其他工具 ：用于处理VCF，BCF的调用和其他工具 另请参见 建筑工具 有关完整的详细信息，请参见 。 包含尚未提交到此存储库的生成文件，因此从Git存储库构建代码需要额外的步骤： autoheader # Build config.h.in (th

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-29
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：weixin_42123296