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资源分类
搜索资源列表
批量下载核酸序列
biopython,批量下载,命令方式:python3 get_nt_record.py acc_num
所属分类:
医疗
发布日期:2018-02-19
文件大小:353
提供者:
sinat_34899069
BioPython_Tutorial.pdf
Chapter1 Introduction 1.1 WhatisBiopython? TheBiopythonProjectisaninternationalassociationofdevelopersoffreelyavailablePython(http://www. python.org)toolsforcomputationalmolecularbiology.Thewebsitehttp://www.biopython.orgprovides anonlineresourceform
所属分类:
Python
发布日期:2019-08-18
文件大小:871424
提供者:
drjiachen
biopython批量下载数据
利用文本文件中的序列ID从NCBI批量下载fasta或Gb格式的基因序列
所属分类:
医疗
发布日期:2020-12-22
文件大小:3072
提供者:
Lee7611
CompBio_miniproject-源码
CompBio_miniproject 软件下载Kallisto酒店- Biopython - Bowtie2 - SPades- //cab.spbu.ru/software/spades/ 提供的文件:test_code.py:如果使用提供的测试数据,则要运行的代码 SRR __。1_1.fastq文件:成对末端读取的fastq文件的4个SRR编号,与测试代码一起使用 full_code.py:如果使用您自己的SRR编号,则运行代码(请参阅如何使用) sequence.fast
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-06
文件大小:1048576
提供者:
weixin_42122306
rexmapdb:RExMap数据库-源码
RExMap数据库 这些说明描述了如何从头开始构建RExMap数据库。 它遵循以下过程: 首先,克隆存储库: git clone https://github.com/taolonglab/rexmapdb.git cd rexmapdb 要运行这些脚本,您需要: 已安装RExMap: : Python 3,安装了模块Biopython和Pandas 元数据 下载细菌和古细菌基因组装配体的NCBI Genome数据库元数据,并为每个独特菌株仅选择最佳装配体: python3 py/
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-24
文件大小:47185920
提供者:
weixin_42121086
ncbi_downloader-源码
ncbi_downloader 一个简单的脚本,用于以fasta格式下载ncbi序列。 先决条件 生物蟒 pip install biopython 指示 使用python3运行,第一个参数是数据库,第二个参数是search_term(如果有空格,则带“”)。 例子: python3 ncbi_downloader.py nucleotide "Psammodromus algirus[organism], cytb[gene]" 作者 罗德里戈·戈麦斯(Rodrigo Gomes) 迪
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-21
文件大小:1024
提供者:
weixin_42127369
流感预测:通过机器学习预测未来的流感病毒序列-源码
流感预测 通过机器学习预测未来的流感病毒株。 这些程序根据以前的流感突变趋势预测未来的流感病毒株。 会谈 查看我在和。 执照 可以根据获得流感预测。 依存关系 安装了Numpy,Biopython和Scikit-learn库的Python 2或3。 使用方法: 克隆/下载存储库。 通过执行pip install -r requirements.txt安装依赖项。 在程序中输入任何HA(血凝素)或NA(神经氨酸酶)流感蛋白序列及其相应的子序列,它将输出该特定流感株的预测后代。 用Biopyt
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-04
文件大小:1048576
提供者:
weixin_42157188
VaxDesign:一种通过脚本设计疫苗的脚本-源码
VaxDesign 通过计算设计疫苗的脚本。 要求 下载此脚本: wget https://raw.githubusercontent.com/sarisabban/VaxDesign/master/VaxDesign.py 使用以下命令(在Ubuntu GNU / Linux中)安装所有必要的程序和Python库,以使该脚本成功运行: sudo apt update && sudo apt install gnuplot dssp python3-bs4 python3-biopyth
所属分类:
其它
发布日期:2021-01-31
文件大小:12288
提供者:
weixin_42118160
paperchaser:在pubmed中使用的有用资料-源码
paper_chaser 该脚本接受作者姓名文件并打印出这些作者的集体论文。 非冗余。 即,有两个或两个以上的作者合作撰写了一篇论文,该论文将只出现一次。 该脚本使用Biopython的Entrez,直到从PubMed数据库获取论文为止。 当前不支持其他原稿库。 先决条件 Python> 3.6 Biopython 安装 下载get_by_author.py 跑步 例子 python paper_chaser.py -n "Iddo Friedberg" --email="idoer
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-30
文件大小:18432
提供者:
weixin_42134240