MycoSNP:BWA预处理
概述
该存储库包含MycoSNP BWA预处理工作流,该工作流由十个步骤组成:
如果提供了多个通道,则合并FASTQ文件通道。
使用SeqTK 1.3将FASTQ文件样本降低到所需的覆盖率或采样率。
修剪使用FaQC 2.09读取并评估质量。
对齐FASTQ使用BWA 0.7.17读取参考。
使用SAMTools 1.10对BAM文件进行排序。
使用Picard 2.22.7在BAM文件中标记并删除重复项。
使用Picard 2.22.7“ CleanSam”清洁B