介绍 cgranges是一个用于基因组间隔重叠查询的小型C库：给定一个基因组区域r和一组区域R ，在R中查找与r重叠的所有区域。 尽管此库基于（一种众所周知的数据结构），但就我们所知，cgranges的核心算法与所有现有实现都不同。 具体来说，cgranges中的间隔树被隐式编码为普通排序数组（类似于但打包方式不同）。 树的遍历是通过在数组索引之间跳转来实现的。 这种处理使cgranges非常有效且紧凑。 核心算法可以用大约50行C ++代码实现，也比其他代码短得多。 有关详细信息，请参见的代码