funnel_potential NAMD使用tclForces接口实现漏斗电位。 这是基于Limongelli等人所做的工作。 Limongelli，V.，Bonomi，M.和Parrinello，M.（2013）。 漏斗动力学作为精确的结合自由能方法。 美国国家科学院院刊，110（16），6358-6363。 我编写了代码，以便用户指定端点A和B，以便可以将漏斗放置在三个直角坐标轴以外的任意轴上。 主要功能写在文件funnel_potential.tcl ，需要在主要NAMD配置文件