MycoSNP：BWA预处理 概述 该存储库包含MycoSNP BWA预处理工作流，该工作流由十个步骤组成： 如果提供了多个通道，则合并FASTQ文件通道。 使用SeqTK 1.3将FASTQ文件样本降低到所需的覆盖率或采样率。 修剪使用FaQC 2.09读取并评估质量。 对齐FASTQ使用BWA 0.7.17读取参考。 使用SAMTools 1.10对BAM文件进行排序。 使用Picard 2.22.7在BAM文件中标记并删除重复项。 使用Picard 2.22.7“ CleanSam”清洁B