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搜索资源列表

  1. NGS software package--SAMtools and bowtie for windows

  2. used for the analysis of next generation sequencing data most important of all, it is for windows os

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2011-01-14
    • 文件大小：13631488
    • 提供者：lanrener

  1. samtools and bwa

  2. samtools and bwa参数例子

  3. 所属分类：软件测试

    • 发布日期：2013-03-11
    • 文件大小：567296
    • 提供者：jjjjjjjsss

  1. samtools sam查看工具

  2. samtools是一种多方式处理sam文件的工具，可以将sam文件转换盛bam文件，序列map结果的浏览，call SNPs，计算覆盖深度等

  3. 所属分类：教育

    • 发布日期：2013-03-25
    • 文件大小：378880
    • 提供者：kongyan1987

  1. SAMtools软件

  2. samtools用于sam格式的文件和其他格式文件的转换，以及对sam文件的管理

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2015-12-29
    • 文件大小：378880
    • 提供者：gaomeihong1993

  1. samtools 1.7

  2. samtools源代码. ./configure --prefix=/usr/local && make && make install 安装

  3. 所属分类：医疗

  1. samtools-0.1.9

  2. breakdancer软件依赖的samtools版本软件，正确的版本有助于breakdancer的使用

  3. 所属分类：软件测试

    • 发布日期：2018-12-14
    • 文件大小：349184
    • 提供者：zhangyikai2017

  1. ChIP-seq analysis pipeline

  2. ChIP-seq analysis pipeline, bwa:mapping, samtools: samtobam, macs2:callpeak, bdgtobw, homer: findmotif; bedtools: annotation

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-04-11
    • 文件大小：984
    • 提供者：qq_29389095

  1. pyfaidx, 高效的Pythonic 随机访问fasta子序列.zip

  2. pyfaidx, 高效的Pythonic 随机访问fasta子序列 描述Samtools为indexed提供了一个函数"faidx"( FASTA索引)，它创建一个小平面索引文件，允许快速随机访问索引FASTA文件，同时加载文件中的最小文件数量。 这个 python MODU

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-09-18
    • 文件大小：105472
    • 提供者：weixin_38743602

  1. sambamba, 使用 sam/bam数据的工具.zip

  2. sambamba, 使用 sam/bam数据的工具 SambambaSambamba是一种高性能的现代健壮和快速工具( 和图书馆)，用编程语言编写，用于处理SAM和BAM文件。 当前功能是samtools功能的一个重要子集，包括视图。索引。排序。markdup和深度。 大多

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-09-18
    • 文件大小：450560
    • 提供者：weixin_38743602

  1. sambamba, 使用 sam/bam数据的工具.zip

  2. sambamba, 使用 sam/bam数据的工具 SambambaSambamba是一种高性能的现代健壮和快速工具( 和图书馆)，用编程语言编写，用于处理SAM和BAM文件。 当前功能是samtools功能的一个重要子集，包括视图。索引。排序。markdup和深度。 大多

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-10-10
    • 文件大小：450560
    • 提供者：weixin_38744435

  1. C++使用htslib库读入和写出bam文件的实例

  2. 有时候我们需要使用C++处理bam文件，比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列，根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等，这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件，是samtools、bcftools的核心库。 #include #include #include using namespace std; #define bam_is_read1(b) (((b)->core.fl

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-01
    • 文件大小：97280
    • 提供者：weixin_38676058

  1. mycosnp-bwa-pre-process:该工作流程使用BWA准备和对齐样品，以使用MycoSNP GATK工作流程进行变体调用-源码

  2. MycoSNP：BWA预处理 概述 该存储库包含MycoSNP BWA预处理工作流，该工作流由十个步骤组成： 如果提供了多个通道，则合并FASTQ文件通道。 使用SeqTK 1.3将FASTQ文件样本降低到所需的覆盖率或采样率。 修剪使用FaQC 2.09读取并评估质量。 对齐FASTQ使用BWA 0.7.17读取参考。 使用SAMTools 1.10对BAM文件进行排序。 使用Picard 2.22.7在BAM文件中标记并删除重复项。 使用Picard 2.22.7“ CleanSam”清洁B

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：28672
    • 提供者：weixin_42128963

  1. SMSN:带有In-Silco控制的Beaularier SMSN版本-源码

  2. 短信网 带有In-Silco控制的Beaularier SMSN版本 安装 在Python上的python 3.7上的Anaconda / bioconda上的python上的Python版本，非 conda create -n smsn python=3.7 conda activate smsn conda install -c bioconda pbcore conda install -c bioconda pbcoretools conda install -c bioconda pb

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：420478976
    • 提供者：weixin_42119281

  1. maxbin2_checkm_slurm_illumina:在DSMZ中进行元基因组合并的Slurm工作流程-源码

  2. maxbin2_checkm_slurm_illumina Slurm工作流程，用于DSMZ中的元基因组合并。此脚本依赖于Slurm调度程序来协调计算机资源。它汇集了几种生物信息学工具，并且在中间增加了重要的一步：过滤引物二聚体（“鲤鱼”序列）。 先决条件 饮 镰刀 梅加希特 Maxbin2 领结2 Samtools MetaBat2 编造 Checkm DAS工具 所有特定于管道的工具都已经安装在DSMZ的“合并”环境中。要使用合并环境。在您的〜/ .condarc中添加以下两行 en

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：15360
    • 提供者：weixin_42134537

  1. WGSpipe-nf:WGSWES数据分析的简便快捷管道-源码

  2. WGSpipe-nf 用于WGS / WES数据分析的简便快捷管道 快速开始 -STEP01：-为管道安装下一个流程： curl -s https://get.nextflow.io | bash OR INSTALL WITH CONDA : conda install nextflow -该管道基于一个nextflow DSL2，因此您可以运行nextflow自更新以将NEXTFLOW更新为新版本 -STEP02：-CONDA环境部署（可选）：要求（fastqc，fastp，mult

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-17
    • 文件大小：21504
    • 提供者：weixin_42114041

  1. Index_Sort_Vcf-源码

  2. 本教程展示了将预编译的二进制文件打包在app（let）的resources/目录中。 预编译二进制 在此小程序中，SAMtools二进制文件已在Ubuntu 14.04计算机上进行了预编译。 用户可以在自己的Ubuntu 14.04计算机上进行此编译，也可以利用Cloud Workstation应用程序来构建和编译二进制文件。 在Cloud Workstation上，用户可以下载SAMtools源代码并在工作环境中进行编译，以确保该二进制文件可以在将来的工作程序上运行。 有关更多信息，请参阅A

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-17
    • 文件大小：6291456
    • 提供者：weixin_42116604

  1. Brkljacic_etal-源码

  2. Brkljacic_TE_paper_scr ipts 该存储库包含用于Brkljacic等人进行分析的脚本，“质粒存储库中转座因子的频率，组成和迁移性” 脚本名称包括指示运行顺序的数字。 分析是在实现PBS的超级计算机系统（俄亥俄州超级计算机中心）上进行的，因此脚本顶部的指令特定于PBS系统。 脚本假定目录包含data /和scr ipts /。 data /包含gen10和gen70 .fastq.gz文件scr ipts /包含以下描述的脚本。 每个命令都可以直接在此脚本/目录中运行

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-17
    • 文件大小：14336
    • 提供者：weixin_42171132

  1. DE-nf-源码

  2. DE-nf：管道V1.0 在流水线下一步处理中，分析整体表达的差异性RNAseq。 描述 FASTA issus deséquençageNGS的RNAseq补全品和分析产品的流水线。 媒体报导： STAR重新定位（选项）。 Alignement des通过STAR朗读法语课程。 通过htseq-count交叉路口的SAM sur l'annotation deréférence。 Élaborationde la matrice finale de compcomp蛮力。 通过DE

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：8388608
    • 提供者：weixin_42132598

  1. Bioinfo-Scripts:由Kovach实验室开发和使用的脚本记录，用于处理测序数据-源码

  2. 生物信息脚本 由Kovach实验室开发和使用的脚本记录，用于处理测序数据。 到目前为止，该存储库包括： 1.）Bio​​informaticBookkeepingSlurmTemplate.sh-一个示例Slurm调度程序模板，用于生成生物信息“纸迹”并更有意义地重命名Slurm输出记录。 2.）DataPreProcessingscr ipt.sh-用于在新排序的数据上创建fastqc报告的脚本，用于在需要时仔细检查所用适配器的可选代码，以及用于质量修整适配器以及使用UNH的Premis

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-14
    • 文件大小：16384
    • 提供者：weixin_42139252

  1. samtools:用于处理下一代测序数据的工具（使用htslib用C语言编写）-源码

  2. samtools 这是samtools的官方开发资料库。 原始的samtools软件包已分为三个独立但紧密协调的项目： ：处理高通量测序数据的C库 samtools：用于处理SAM，BAM，CRAM的mpileup和其他工具 ：用于处理VCF，BCF的调用和其他工具 另请参见 建筑工具 有关完整的详细信息，请参见 。 包含尚未提交到此存储库的生成文件，因此从Git存储库构建代码需要额外的步骤： autoheader # Build config.h.in (th

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-29
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：weixin_42123296
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