短读对齐 耐克·帕特尔 方法 该项目将探索Martin和Wang [3]描述的各种剪接感知的短读比对仪。 对齐器为STAR，TopHat，GSNAP，SpliceMap和MapSplice。 因为我们正在比较比对仪，所以将采用基于参考的策略进行转录组装配。 这五个对齐器以BAM或SAM格式输出，使其成为比较的理想选择。 该项目在使用i7处理器上的8核Linux环境中进行。 在此存储库中运行脚本之前，请考虑您正在使用的基因组的大小。 样本数据 该项目的测试涉及使用FASTQ文件形式的papida