文件名称:
VariantandSVCalling:使用GATK4进行变体调用的Snakemake管道-源码
开发工具:
文件大小: 5kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-16
详细说明：使用GATK4进行变体调用管道的Snakemake工作流程以及使用Delly和Tiddit进行结构变体调用的Snakemake工作流程
这是一个使用GATK4进行变体调用管道的Snakemake工作流程，还包括一个对结构变体的故意和轻率的调用（将包括更多的结构变体工具）。
管道使用trimgalore和cutadapt来修剪适配器。 使用Bowtie2对齐读数。 然后执行GATK4管道：添加读取组，标记重复项，进行碱基重新校准，然后使用单倍型调用程序进行变体调用。
还使用去重复的读取来使用delly调用结构变异。
要运行管道，您需要适当地更改配置文件，并使用：
snakemake -jn where n is the number of cores.
例如，对于使用10个内核，请运行：
snakemake -j10
或者您可以使用规则输出运行特定规则，例如，我们可以在特定样本上调
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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