文件名称:
SSRG:SSRG管道的创建是一种简单而集中的工具，可用于研究基因组之间的遗传多样性-源码
开发工具:
文件大小: 439kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-14
详细说明：创建是一种简单而集中的工具，可用于研究基因组之间的遗传多样性。 该管道具有两个独立的工作流程：
读映射/变体调用
遗传距离估计
对点突变感兴趣的人应该使用读映射/变体调用工作流程。 SSRG管道的独特功能在于使用从完整或草拟的基因组中合成短读段，然后将其输入到/变异调用工具中。 请注意，这种方法仅适用于单倍体基因组。 或者，用户可以选择任何FASTQ数据集与一起使用。
对遗传距离感兴趣的人应该使用遗传距离估计工作流程。 此工作流基于开发的出色工具 ，并专注于数据可视化。 遗传距离可以绘制为热图，相邻树木或群集（使用降维技术）。
目录
介绍
为什么还要读取映射管道？
评估基因组之间的遗传多样性通常涉及（SNP）和（indels）的计算。 这通常是通过将来自一个或多个物种的短而精确的测序读数与参照基因组作图而完成的，参照基因组被称为变异体。 当在公共存储库（例如有来自已公开基因组的短读
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